ライゲーション計算機

ライゲーションは、インサートと呼ばれるDNAの断片を、ベクターと呼ばれるプラスミドにつなぎ合わせる操作です。このページでは、選んだモル比に応じて、加えるインサートの質量を計算します。どの数字を変えても、答えは追従して変わります。

計算のしくみ

インサートの質量は、ベクターの質量×インサートの長さ÷ベクターの長さ、さらにモル比を掛けた値です。同じ分子数でも、長いインサートは重いので、大きさの比較が重要です。

インサート対ベクターのモル比3対1は一般的な出発点ですが、多くのプロトコルでは複数の比を試すことを勧めています。反応の最終的な判断は、お使いの酵素キットの説明書に従ってください。

3,000塩基対のベクターに100ngのDNAと、1,000塩基対のインサートを、3のモル比で使うには、100ngのインサートが必要です。

モル比とは何ですか？

ベクター1分子に対して、加えるインサートの分子数です。3対1の比は、ベクター1分子ごとにインサート3分子を意味します。

インサートの大きさで、質量が変わるのはなぜですか？

質量は個数だけでなく大きさにも比例します。長いインサートは重いので、同じ分子数でもより多くのナノグラムが必要です。

どのキットにも使えますか？

標準的なインサートとベクターの計算式を使っています。キットによっては独自の量を推奨するので、キットのプロトコルも確認してください。