Calculateur de ligature
Une ligature relie un fragment d’ADN, l’insert, à un vecteur, le plasmide dans lequel il est placé. Cette page calcule la quantité d’insert à ajouter, en masse, pour le rapport molaire choisi. Modifiez un chiffre, et le résultat suit.
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Comment ça marche
La masse d’insert est égale à la masse du vecteur, multipliée par la longueur de l’insert et divisée par la longueur du vecteur, puis multipliée par le rapport molaire. À nombre de molécules égal, un insert plus long pèse davantage, donc la comparaison des tailles compte.
Un rapport molaire de 3 pour 1 est un point de départ courant, mais de nombreux protocoles conseillent de tester plusieurs rapports. Les instructions de votre kit enzymatique ont le dernier mot pour votre réaction.
Exemple détaillé
Un vecteur de 3 000 pb avec 100 ng d’ADN et un insert de 1 000 pb, à un rapport molaire de 3, demande 100 ng d’insert.
Questions
Qu’est-ce qu’un rapport molaire ?
C’est le nombre de molécules d’insert ajoutées pour chaque molécule de vecteur. Un rapport de 3 pour 1 signifie trois molécules d’insert pour chaque molécule de vecteur.
Pourquoi la masse change-t-elle avec la taille de l’insert ?
La masse dépend de la taille autant que du nombre. Un insert plus long pèse davantage, donc le même nombre de molécules demande plus de nanogrammes.
Puis-je utiliser ceci avec n’importe quel kit ?
Il utilise le calcul standard pour l’insert et le vecteur. Certains kits recommandent leurs propres quantités : vérifiez aussi le protocole de votre kit.
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